Desde su fundación, la Hermandad de San Juan de la Cruz era regida de la siguiente forma: Cada año se elegía a un Hermano Mayor, que tenía la potestad de elegir a los hermanos que le acompañarían en el ejercicio de sus funciones. Se constituía así la Hermandad, cuyo fin no era otro que sufragar los festejos anuales que en honor a nuestro Santo Patrono se celebraban. Al terminar la procesión, la junta saliente entregaba los cetros y la bandera a la nueva corporación, llamada a regir los destinos de la Hermandad el año siguiente.
A partir de 1950, la búsqueda de Hermano Mayor constituyó una gran dificultad, debido a la falta de personas que de forma voluntaria se atrevieran a soportar el peso de la dirección de la fiesta patronal. La situación se hizo insostenible en el año 1953 cuando el Presidente D. Diego López expuso, en toda su crudeza, el problema que se vivía. Por ello, tras la redacción de los Estatutos del año 1956, se configuró el carácter corporativo que hasta 2002 tuvo nuestra Hermandad.
La adscripción de los gremios a la rectoría de la Hermandad brindaba una buena ocasión para que los diferentes sectores de la vida laboral de nuestra ciudad se asociaran al público homenaje a nuestro Santo Patrono, siendo habitual desde entonces, unir al nombre de San Juan de la cruz al de los maestros, los abogados, los médicos, los comerciantes, los hosteleros, los peluqueros, los mineros, el ramo textil, el gremio metalúrgico, droguerías y ferreterías, banca y cajas de ahorro…
En el año 2006, los nuevos Estatutos dotaron a la Hermandad de una Junta de Gobierno estable, por lo que se dejó de nombrar gremio entrante, si bien volvieron momentáneamente los años 2009 y 2010. La opinión generalizada a favor de su vuelta motivó que en el año 2016, aprovechando el 60 aniversario de la constitución del primer gremio (Cuerpo de Magisterio local) la Hermandad, en su deseo de mantener las tradiciones, tuvo a bien volver a recuperar una seña de identidad tan característica de las últimas décadas, invitando al gremio de Peluquería, que cedieron la bandera tras la procesión de nuestro Patrón al Gremio "Asociación de amas de casa La Carlota".
GREMIOS DE LA HERMANDAD
Año 1957 Gremio de Juristas
Año 1958 Gremio de Sanidad local
Año 1959 Gremio de comerciantes del ramo textil
Año 1960 Gremio de las artes blancas
Año 1961 Gremio de comerciantes del ramo de la alimentación
Año 1962 Gremio de la hostelería
Año 1963 Pueblo de La Carolina (Excmo. Ayuntamiento de la Carolina)
Año 1964 Gremio metalúrgico
Año 1965 Peña Ortas
Año 1966 Gremio de la madera: ebanistas y carpinteros
Año 1967 Gremio de la construcción
Año 1968 Gremio de los mineros silicóticos
Año 1969 Gremio comerciantes del ramo de ferretería y droguería
Año 1970 Gremio de Banca y Cajas de ahorro
Años 1971 a 1986. No se nombran gremios
Año 1987 Gremio Directivos y socios de la Peña Madridista de La Carolina
Año 1988 Gremio Mujeres
Año 1989 Gremio Asoc. Cultural Musical de la Real Carolina
Año 1990 Gremio Asoc. Comerciantes y Pequeño Industrial
Año 1991 Gremio Orden Carmelitas Descalzos (IV Centenario)
Año 1992 Gremio del Automóvil y del Metal
Año 1993 Gremio de la Construcción
Año 1994 Gremio de Panadería local
Año 1995 Gremio de la madera: ebanistas y carpinteros
Año 1996 Gremio de Matrimonios
Año 1997 Gremio de Profesionales del Derecho y la Administración de Justicia
Año 1998 Gremio Asoc. Amas de casa La Carlota
Año 1999 Gremio Empleados de Entidades Bancarias
Año 2000 Gremio Homónimos Guillermo Sena
Año 2001 Gremio de Peluquería local
Año 2002 Gremio Hermandad de San Juan de la Cruz
Año 2002 Gremio Hermandad de San Juan de la Cruz
Año 2003 Gremio Medalla Milagrosa
Año 2004 a 2008 No se nombran gremios
Año 2016 Gremio de Peluquería local
Año 2004 a 2008 No se nombran gremios
Año 2009 Gremio Cuerpo de Enseñanza local
Año 2010 Gremio Comerciantes
Año 2011 a 2015 No se nombran gremios
Año 2011 a 2015 No se nombran gremios
Año 2016 Gremio de Peluquería local
Año 2017 Gremio Asoc. Amas de casa La Carlota
Año 2018 Gremio Administraciones locales de Loterías y Apuestas del Estado
Año 2019 Gremio comerciantes del ramo de ferretería y droguería
Año 2018 Gremio Administraciones locales de Loterías y Apuestas del Estado
Año 2019 Gremio comerciantes del ramo de ferretería y droguería
Año 2020 Gremio de floristería (prorrogado a causa de la pandemia de COVID-19)